污水处理菌种通过消耗水中的有机污染物进行繁殖，从而达到很好的去除废水中有机污染物的效果，并可以减少有机污染物对水等天然食物链造成的破坏，避免造成饮用水自然污染。
微生物是污水处理领域中一个重要组成部分，污水处理过程中常常需要进行菌种投加，这种方法操作方便、见效快、稳定。自然界微生物种类繁多，适应性强，代谢方式多样，几乎可以降解环境中的所有污染物质，因此含有不同微生物的菌种在污水处理中的应用前景非常广阔。常用的菌种可以从对氧需求的不同、去除对象不同进行分类。
氨氮去除菌
氨氮去除菌剂是由多种不同种属的硝化细菌复配而成，主要分为硝化细菌和亚硝化细菌，硝化细菌主要完成亚硝酸的氧化，亚硝化细菌主要完成氨的氧化，可快速降低水体中氨氮指标，加速污泥沉降速度，达到净水的目的。
COD降解菌
COD降解菌为复合微生物产品，是一种具备多种有机物降解能力的菌种合剂，能够分解脂肪酸、表面活性剂、碳氢化合物、酚类化合物、酮以及不易分解的有机物，降低COD、氨氮等水体富营养化程度综合性指标，是一类新型水环境改良微生物产品。
厌氧菌
厌氧菌富含适用于废水或固废厌氧处理的高效微生物菌种，增强微生物在厌氧阶段的抗冲击能力，提高厌氧效率，将难生物降解的大分子有机物转化为易生物降解的小分子物质，从而改善污水的可生化性，为后续生化处理奠定基础。
在污水处理菌种的投加过程中,还需考虑其他因素。比如ph值、温度等,温度是影响细菌生长和代谢的重要环境条件。绝大多数微生物正常生长环境为20~35℃。
