生物除臭菌剂是利用微生物吸收利用恶臭物质，以其作为自身营养,通过自身的代谢活动使其降解,从而达到消除恶臭的目的。微生物在繁殖过程中会产生多种活性生物酶,活性生物酶具有转化、分解、催化、重组恶臭分子的作用,可以达到消除恶臭目的。

植物除臭菌剂是天然植物萃取液或提取物加工而成，含有多种多酚类、萜烯类、天然植物精油，植物液除臭基本原理是通过离子力结合后气相溶解，然后发生化学反应。经过雾化后的植物液进入空中后形成薄雾，小液滴表面带有静电将臭气分子吸引或吸附从而完成消除异味分子来降低臭气组分浓度的产品。对人体、动物、植物无害的产品。

两者都是无毒无害。可根据实际情况进行选择。